Emacsのeglotは，当該のディレクトリに .git があれば、自動的にプロジェクトのルートとして認識してくれる。
これがない場合に、下層のディレクトリにあるファイルは全て、ディレクトリ単位で別プロジェクトとして認識し
、サーバーと接続してしまうので困っていた。
これを解決して、最上位のディレクトリをプロジェクトのルートとして認識させたいときには，例えば
(setq project-vc-extra-root-markers '(".project"))
という設定を書いておき、当該ディレクトリに .project という空のファイルを置けばよい。この設定について、
(setq project-vc-extra-root-markers '(".project.el" ".projectile"))
のように複数指定してもOKである。特にマーカーのファイル名に制限はないが、隠しファイルとしておくのはアリだろう。詳細は project-vc-extra-root-markers のドキュメンテーションを見るのがよい。
参考： jmthornton.net
